La familia Quintanilla nombró a Yolanda Saldívar directora de las boutiques de Selena a principios de 1994. Ocho meses después, Selena nombró a Saldívar como su agente registrado en San Antonio, Texas. Tras el acuerdo, Saldívar se trasladó desde San Antonio a Corpus Christi para estar más cerca de Selena. En diciembre de 1994, las boutiques comenzaron a tener problemas, después de que el número de personal para ambas tiendas disminuyó. Según el personal de las boutiques, Saldívar a menudo despedía empleados que a ella desagradaban. El personal de las tiendas constantemente se quejaba de la conducta de Saldívar a Selena, quien desestimó los reclamos, creyendo que Saldívar no influiría negativamente en su empresa de moda. El personal comenzó a informar sobre el comportamiento de Saldívar a Abraham Quintanilla, que sí tomó en serio los reclamos y le mencionó a Selena que debía «tener cuidado» con Saldívar y que no era una buena influencia, sin embargo Selena desestimó las investigaciones de su padre porque él siempre fue desconfiado con la gente en el pasado.
Para inicios de 1995, el primo de Selena, su diseñador de moda Martín Gómez, y los clientes expresaron sus preocupaciones sobre el comportamiento y capacidad de gestión de Saldívar. Durante una entrevista de Saldívar con periodistas de The Dallas Morning News en 1995, dijo que su devoción hacia Selena rayaba en obsesión.
En enero de 1995, Abraham Quintanilla empezó a recibir llamadas telefónicas y cartas de aficionados reclamando que pagaron a Saldívar para ser admitidos como miembros del club de fans de Selena y recibir un paquete de artículos, que incluían un cassete de Selena y una camiseta, pero no recibieron nada. Entonces Quintanilla comenzó a investigar y descubrió que Saldívar malversó más de 60 000 $ en cheques falsificados, tanto del club de fanes como de las boutiques. Quintanilla se reunió con Selena y Suzette la noche del 9 de marzo en Q-Productions para enfrentar a Saldívar. Quintanilla le presentó a Saldívar los cheques malversados.
Él, al no tener respuesta favorable de Saldívar, le prohibió tener cualquier contacto con Selena, siendo despedida por Selena ese mismo día, sin embargo días después se acordó mantenerla como parte de la nómina pero con ningún tipo de contacto con las boutiques hasta terminar algunas gestiones referentes a su línea de ropa en México, además Selena quería mantenerla cerca porque ella tenía registros bancarios, declaraciones y registros financieros necesarios para la declaración de impuestos.
La noche del 30 de marzo de 1995, luego de cenar pescado junto a su esposo Chris y su suegro Gilbert Pérez, a las 11:30 p. m. (CST), Selena y Chris partieron rumbo al motel Days Inn en Corpus Christi, lugar donde se hospedaba Saldívar, a recoger los registros bancarios que ella poseía. Saldívar le entregó a Selena los documentos en una bolsa plástica. Selena le mencionó a Chris que Saldívar tenía arañazos y la ropa rota y que al parecer se los había hecho ella.
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La mañana del 31 de marzo de 1995, Selena se volvió a reunir con Saldívar en el motel. Allí Selena le exigió a Saldívar otros documentos financieros que no estaban en la bolsa plástica que entregó la noche anterior. Saldívar retrasó la entrega aduciendo que había sido violada en México. Selena llevó a Saldívar al Hospital Regional de Médicos, donde los médicos no encontraron evidencia de violación. Regresaron al motel a las 11:48 a.m. y Selena comenzó a discutir con Saldívar por los documentos financieros. Durante la pelea verbal, Saldívar sacó un arma de su bolso, un revólver Taurus 85 calibre .38 de cañón recortado y apuntó a Selena.
Selena intentó huir y antes de salir de la habitación, Saldívar le disparó. La bala alcanzó a impactar en el hombro inferior derecho, rompiendo una arteria y causando una severa pérdida de sangre. Seriamente herida, con sus últimas fuerzas Selena corrió hacia el vestíbulo del motel, dejando un rastro de sangre de 116 m. Allí mismo se desmayó y fue socorrida por los trabajadores del motel, quienes llamaron a una ambulancia. Saldívar perseguía a Selena mientras le gritaba «perra». Antes de perder totalmente el conocimiento, Selena alcanzó a delatar a Saldívar como su agresora y dio el número de la habitación en la que había recibido el disparo. Mientras tanto, Saldívar se metió a su camioneta y trató de huir del motel, sin embargo fue vista por una patrulla de la policía. Saldívar se rindió después de nueve horas y media de negociar con la policía y el FBI.
Al saber la noticia cientos de aficionados se congregaron en el lugar, muchos lloraron cuando la policía arrestó a Saldívar. Selena fue trasladada al Hospital Central y fue sometida a intervención quirúrgica. Después de 50 minutos de la cirugía, los médicos se dieron cuenta de que el daño a la arteria perforada de Selena era irreparable. Fue declarada muerta por pérdida de sangre y paro cardiorrespiratorio a la 1:05 p. m. (CST). Se realizó una autopsia el mismo día, esta reveló que la bala entró por la parte superior derecha de la espalda de Selena, cerca de su escápula, pasó a través de su cavidad torácica, cortó la arteria subclavia derecha y salió por la parte superior derecha del tórax. Los médicos dijeron que si la bala hubiera pasado un milímetro más arriba o más abajo, la herida habría sido menos severa. Su muerte fue declarada un homicidio.
Tumba de Selena ubicada en el cementerio Seaside Memorial Park en Corpus Christi, Texas.